Dezinfectia profilactică se practică de rutină, pe substraturi cu risc crescut de contaminare cu germeni patogeni sau condiționat patogeni, proveniți de la diferite surse si rezervoare. De exemplu, se practică dezinfectie profilactică a apei, laptelui si altor alimente, a suprafețelor (pavimente, pereți, chiuvete, toalete) din unități sanitare sau colectivități de copii si adolescenți sau a unor mijloace de transport în comun.