Vizează îndepărtarea sau distrugerea agenților patogeni cunoscuți eliminați pe diferite căi în focarul de boală transmisibilă de către bolnav sau purtători de germeni care contaminează mediul ambiant: aer, obiecte, suprafețe, alimente, apă, sol etc. In cazul dezinfectiei în focar metodele utilizate vor fi diferențiate în funcție de tipul agentului patogen, de gradul de rezistentă al acestuia la acțiunea factorilor de mediu sau a agenților dezinfectanti utilizați.